ในแต่ละปีดอยอินทนนท์มีปริมาณน้ำฝนสูงถึง ๒,๐๐๐-๒,๕๐๐ มิลลิเมตร ป่าดิบเขาที่สมบูรณ์แห่งนี้ช่วยลดความแรงของเม็ดฝนที่ตกลงมากระทบผิวดิน รากไม้ที่แผ่กระจายไปทั่วผืนดินจะช่วยให้น้ำซึมลงใต้ดิน พร้อมทั้งช่วยชะลอการไหลบ่าของน้ำและผิวดิน เรือนยอดที่ปกคลุ่มเกือบเต็มพื้นที่ช่วยให้อัตราการระเหยของน้ำจากผิวดินมีน้อย เมื่อหมดฤดูฝน ผืนดินก็จะค่อย ๆ ระบายน้ำออกมารวมกันเป็นลำธารสายเล็ก ๆ
ดอกไม้ที่เรียกได้ว่าเป็นเอกลักษณ์ของดอยอินทนนท์คือพรรณไม้ในสกุลกุหลาบพันปีทั่วโลกมีประมาณ ๘๐๐ ชนิด ที่พบในเขตร้อนมีถิ่นอาศัยเฉพาะบนภูเขาที่สูงกว่าระดับน้ำทะเลปานกลางตั้งแต่ ๑,๐๐๐ เมตรขึ้นไป ในประเทไทยมีรายงานพบแล้ว ๙ ชนิด ๓ ชนิดพบที่ดอยอินทนนท์ ได้แก่ กุหลาบพันปี หรือ คำแดง เป็นต้นไม้กิ่งคดงอขนาดใหญ่ ใบหนา ออกดอกสีแดงรวมกันเป็นช่อ เปลือกลำต้นเป็นแผ่นบาง ๆ ซ้อนกันหลายชั้น ชั้นผิวหน้าจะแตกเป็นรูปสี่เหลี่ยมผืนผ้าออกดอกเดือนธันวาคม-พฤษภาคม คำขาว หรือกุหลาบป่า ออกดอกสีขาวใหญ่ เป็นไม้พุ่ม ออกดอกเดือนตุลาคม-พฤษภาคม และกายอม หรือกุหลาบขาวแต่ต่างจากชนิดอื่นตรงที่เป็นไม้พุ่มอิงอาศัย เกาะตามคบไม้ หรือโขดหิน ออกดอกสีขาวเดือนธันวาคม-เมษายน
ข้าวตอกฤาษี พืชไร้ดอกจำพวกมอส มีขนาดใหญ่มักขึ้นคลุมดินที่มีความเป็นกรดสูง ต้องการความชุ่มชื้นสูง จึงมักอยู่ตามที่สูงจากระดับน้ำทะเลปานกลาง ๒,๐๐๐ เมตรขึ้นไปเท่านั้น
นอกจากนี้ยังมีพรรณไม้ที่น่าสนใจ เช่น รองเท้านารีอินทนนท์ กล้วยไม้ประจำถิ่นของดอยอินทนนท์ที่สวยงามและหายาก บัวทอง พันธุ์ไม้ที่พบเฉพาะบนดอยอินทนนท์เท่านั้น ดอกสีเหลืองเห็นได้บริเวณบริเวณลานจอดรถบนยอดดอยและตามทางขึ้นไปยังสถูปเจ้าอินทวิชยานนท์ สะเภาลมออกดอกรูปหลอดสีแดงเข้มพบเฉพาะบนภูเขาสูง ๑,๘๐๐ เมตรจากระดับน้ำทะเลปานกลาง เห็นได้บริเวณเดียวกับที่พบดอกบัวทอง
|